Ornitološka zbirka je bez sumnje jedna od najbogatijih i najvrednijih u muzejskim fondovima Zavoda. Njeno stvaranje je započeto 1947, uglavnom poklonima spoljnjih saradnika i otkupom. Organizovani rad i sakupljanje širih razmera nastupilo je 1950. Upravo tada dr Aladar Trišler poklanja deo svoje zbirke jaja, da bi 1958. ona sasvim bila kompletirana otkupom njenog drugog dela, sa ukupno 165 legala i 712 jaja.

Naredne dve decenije u zbirku se godišnje prinavlja prosečno 100 – 150 novih eksponata, u zavisnosti od interesovanja, rada preparatora i broja terenskih izlazaka. Krajem 1976. godine ornitološka zbirka narasta do fonda od 2120 eksponata.

Prvi zvanični rukovodilac ornitološke zbirke je bio Milorad Marčetić ( 1950 – 1969 ). Nakon njega staranje o zbirci preuzima mr Boris Garovnikov ( 1970 – 1995 ), potom brigu o zbirci preuzima mr Slobodan Puzović, a danas zbirku vodi mr Nikola Stojnić.

Jedan od najzaslužnijih ljudi za popunjavanje ornitološke zbirke i njeno sadašnje zavidno bogatsvo, svakako je Antal Laslo, koji je kao zoološki preparator radio u periodu od 1953. do 1976. godine.

Najstariji eksponat u ornitološkoj zbirci je dermoplastični preparat beloglavog lešinara (Gyps fulvus) iz 1910. sa Obedske bare, leg. Đorđa Ševića iz Novog Sada. Lešinara je uhvatio meštanin iz Srema i zatim ga dao mlinaru uz zamenu za samleveno žito. Od ovog primerka je možda još stariji eksponat orla krstaša (Aquila heliaca), koji je preuzet iz stare zbirke gimnazije u Sremskim Karlovcima, ali na žalost bez podataka.

Postoji izuzetno veliki broj vrednih eksponata u ornitološkoj zbirci, a među njima treba posebno naglasiti:

Sadašnji fond ornitološke zbirke procenjuje se na 2 900 eksponata, razvrstanih u okviru više podzbirki:

Zbirka gotovo u potpunosti pokriva bogatstvo faune ptica Vojvodine i Srbije. U njoj je zastupljeno oko 250 vrsta ptica.